Ngôn ngữ học ứng dụng được ra đời như là một sự phản ứng lại việc thu hẹp phạm vi của quan tâm trong ngôn ngữ học với sự xuất hiện của ngôn ngữ học tạo sinh vào cuối những năm 1950.

Vào thập niên 1950 và 1960, ngành ngôn ngữ học ứng dụng lần đầu tiên quan tâm đến hiện tượng lĩnh hội ngôn ngữ thứ hai, cụ thể là các lỗi sai và việc phân tích tương phản.

Vào thập niên 1970, sau thất bại khi dùng phân tích tương phản làm lý thuyết để tiên đoán các lỗi sai, những nhà ngôn ngữ học ứng dụng bắt đầu chuyển sang dùng lý thuyết ngữ pháp phổ quát của Noam Chomsky để giải thích cho hiện tượng học tiếp ngôn ngữ thứ hai. Trong thập niên 1990, càng có nhiều nhà nghiên cứu hơn bắt tay vào sử dụng các phương pháp nghiên cứu từ ngành tâm lý học nhận thức.

Khoá học thạc sĩ và cử nhân đầu tiên chuyên ngành ngôn ngữ học ứng dụng được thành lập tại Đại học Edinburgh vào năm 1958. Hội nghị quốc tế đầu tiên được tổ chức vào năm 1964 và chính ở đó, Hiệp hội Quốc tế về Ngôn ngữ học ứng dụng (Association Internationale de la Linguistique Appliquée trong tiếng Pháp, viết tắt thành AILA) đã ra đời. Hiệp hội Anh của chuyên ngành này (British Association for Applied Linguistics trong tiếng Anh, viết tắt thành BAAL) được thành lập năm 1965 và mười năm sau thì Hiệp hội Hoa Kỳ (American Association for Applied Linguistics, viết tắt thành AAAL) cũng ra đời. Tờ tạp chí chính của ngành là Applied Linguistics được xuất bản lần đầu tiên vào năm 1980. Các tờ tạp chí lớn trong ngành bao gồm Applied Linguistics, International Journal of Applied Linguistics, The Journal of Applied Linguistics, Second Language Research, Studies in Second Language Acquisition, Modern Language Review, Language Learning, AILA Journal và tờ TESOL Quarterly.